Tên thời cổ của đảo Panarea là "Euonymus"; đảo nhỏ Basiluzzo ở bên cạnh, do Panarea quản lý, thời cổ tên là "Hycesia".[2] Các bằng chứng khảo cổ cho biết đảo đã có người thành Mycenae (Hy Lạp cổ đại) cư ngụ từ khoảng năm 1200 trước Công nguyên, sau đó tới các người La Mã cổ đại. Các người La Mã vẫn cư ngụ ở đây cho tới khi các hải tặc và các bọn cướp biển khác trong vùng Địa Trung Hải tới cướp phá, sau khi Đế quốc La Mã bị sụp đổ.

Cùng với các đảo khác trong Quần đảo Eolie, Panarea đã được UNESCO công nhận là di sản thế giới từ năm 2000.